カルーセルやアピールエリアなどの位置

カルーセルやアピールエリアなどの位置は、

のテンプレートで決められており、子テーマからこちらのテンプレートを上書きすることで、表示される位置を変更することができます。

アピールエリア（29行目）とカルーセル（35行目）のコードを入れ替えるだけですが、PHPのカスタマイズはフォーラムのサポート対象外となるため、カスタマイズ方法が分からない場合はCocoonカスタマイズ依頼などを検討してください。